Đây là một câu truyện nói về một đại dịch khủng khiếp do những tên phản diện gây ra. Những tên này đã sáng chế một loại virus với mục đích tạo ra một binh đoàn xác sống để thống trị thế giới. Và các Boboiboy đã phải cực lực chống lại thế lực xấu xa này để đưa trái đất về một nơi yên bình như lúc trước.