Sau khi hi sinh thân mình để đánh bại Black Doom, cú rơi tự do từ không gian xuống Trái Đất khiến Shadow bị mất trí nhớ. Thật không may, dạng sống tối thượng lại một lần nữa rơi vào tay G.U.N. Hoặc về cơ bản thì Shadow mất trí nhớ và được nhận nuôi, Sonic phải đối phó với một ông bố vợ khó tính.